高雄市稅捐稽徵處表示，經法院拍賣之農業用地如符合不課徵土地增值稅要件者，應於主管稽徵機關依法通知之次日起30日內，檢附農業用地作農業使用證明書申請不課徵土地增值稅。但如果申請人於期限後，始向主管機關申請核發農業用地作農業使用證明書，因該證明書係在申請期限後才核發之證明文件，即無土地税法第39條之2規定不課徵土地增值稅之適用。
該處舉例進一步說明，經法院拍賣之農業用地如符合不課徵土地增值稅要件者，當事人於9月30日收到稽徵機關通知，應於次日起30日內（即10月30日前）向區公所申請核發農業用地作農業使用證明書並向稅捐稽徵機關申請不課徵土地增值稅；但如果逾10月30日才申請核發農業用地作農業使用證明書或申請不課徵土地增值稅，依土地稅法第39條之3規定，即無法適用，請當事人務必注意申請期限，以保障自身權益。