(一)菸酒專賣改制後，菸酒管理法（以下簡稱本法）之主管機關，在中央為財政部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。（菸酒管理法第２條）
(二)中央、直轄市、縣（市）主管機關為執行本法第六章所定之稽查及取締業務，應設查緝小組。（菸酒管理法施行細則第13條）
(三)地方主管機關為執行稽查及取締業務，應設置聯合稽查及取締小組，其成員應包括財政、環保、衛生、工商（經發）、傳播媒體管理、警察及其他相關業務機關（單位），其設置原則如下：（菸酒查緝及檢舉案件處理作業要點第4點）
1. 置召集人由地方政府首長、副首長、秘書長或主任秘書擔任，置委員若干人，由參加機關（單位）之主官（管）兼任。
2. 置執行秘書一人，由財政局（處）局（處）長兼任，或由召集人指定人員兼任，承召集人之命，處理本小組事務；置秘書一人及幹事若干人，由財政局（處）及參加機關（單位）分別指派人員兼任。
3. 每年應至少召開一次稽查及取締會報，必要時得臨時召開之。
4. 稽查及取締會報所需經費，由財政局（處）配合年度工作計畫編列預算支應。小組執行任務時，其實際成員，視任務之需要機動調整。
(四)地方主管機關聯合稽查及取締小組成員，各依其業務職掌辦理本法相關事項如下：（菸酒查緝及檢舉案件處理作業要點第5點）
1. 財政局（處）辦理菸酒之稽查、取締、標示及廣告促銷管理等事項，及相關業務機關（單位）間協調、聯繫事項。
2. 環境保護局辦理危害環境保護管理及協助扣押（留）物銷毀等事項。
3. 衛生局辦理菸酒製造業者之菸酒產品衛生檢查、取樣檢驗、良好衛生標準檢查、菸之標示及廣告管理等事項。
4. 傳播媒體管理單位辦理菸酒廣告媒體之管理等事項。
5. 警察局辦理有關菸酒涉及刑罰案件之偵辦、移送及主管機關實施菸酒稽查及取締時，得依其請求予以必要之協助事項。
6. 工商（經發）局辦理有關菸酒業者登記資料之蒐集、通報、查核之配合事項。
7. 其他相關業務機關（單位）之配合事項。