政府對檢舉人之保護極為周延，除對檢舉人姓名嚴守秘密外，另訂定保護措施及程序如下：
（一）受理機關對檢舉人之姓名、地址、身分證字號、聯絡電話及其他足資辨識檢舉人身分之資料應予保密。
（二）檢舉書函、相關筆錄（或訪談紀錄）或違章證物等檢舉資料，應另行保存，不得附於調查案卷內。但法令另有規定或情形特殊者，不在此限。
（三）洩漏前2項資料之人員，依刑法或其他相關法令處罰或懲處。
（四）檢舉人之生命、身體或自由有受立即危害之虞時，主管機關應洽請警察機關提供保護。(菸酒管理法第43條及菸酒查緝及檢舉案件處理作業要點第21點及第22點)