（一）依菸酒管理法第14條第1項、第19條第1項或農民或原住民製酒管理辦法第7條第1項規定申請者，因負責人更名、行政區域調整、門牌整編或法令變更所致者，免收審查費。（菸酒業審查費證照費及許可費收費標準第2條第2項）
（二）已繳納之審查費，經駁回者，其所繳納之審查費，不予退還。（菸酒業審查費證照費及許可費收費標準第2條第5項）
（三）被駁回者之已繳納證照費，將全數退還。
（四）菸酒業者申請換發許可執照，因行政區域調整、門牌整編或法令變更所致者，免收證照費。（菸酒業審查費證照費及許可費收費標準第3條第3項）
（五）菸酒業者結束菸酒業務時，得自中央主管機關註銷許可執照之次月起，按剩餘月數比率退還已繳納之許可年費。（菸酒業審查費證照費及許可費收費標準第4條第3項）
（六）菸酒業者之總機構或工廠所在地屬重大災害地區，而有下列各款情事之一者，得免徵或申請退還預繳之規費：1.菸酒製造業者需遷建工廠之審查費。2.許可執照毀損、滅失或需遷建工廠，申請換發或補發許可執照之證照費。3.菸酒製造業者停工或無法繼續產製菸酒期間之許可年費。符合第3點情事之業者，得申請自事實發生之當月起，按未營業之實際月數比率，退還已繳納之許可年費。（菸酒業審查費證照費及許可費收費標準第5條）