本局前身為台灣省高雄市政府財政局，民國68年7月本市升格為直轄市而配合予以改制，奉行政院68年6月25日台六十八內字第六一三三號函核定成立。 92年1月1日依據高雄市政府組織自治條例，本局設4科4室，下設稅捐稽徵處、集中支付處及動產質借所等三個所屬機關。95年7月1日因應組織再造，裁撤所屬機關集中支付處，併入本局第4科，組織修正為5科、4室。
99年12月25日配合高雄縣市合併改制，原5科、4室修正為7科4室，並修正內部單位名稱，原第一至五科為「財務管理科」、「稅務金融管理科」、「公用財產管理科」、「非公用財產管理科」、「支付科」，並增設「菸酒管理科」、「非公用財產開發科」。下設西區稅捐稽徵處、東區稅捐稽徵處、動產質借所三個所屬機關。
104年7月1日所屬西區稅捐稽徵處、東區稅捐稽徵處整併為高雄市稅捐稽徵處。本局現設7科、4室及稅捐稽徵處、動產質借所等所屬機關。
本局組織架構包含局長、副局長、主任秘書、專門委員和財務管理科、稅務金融管理科、菸酒管理科、公用財產管理科、非公用財產管理科、非公用財產開發科、支付科、會計室、人事室、政風室、秘書室、稅捐稽徵處、動產質借所等所屬機關。
本局分層負責明細表檔案如附件
106年修正分層負責明細(甲表).pdf-點擊開新視窗下載
106年修正分層負責明細(乙表).pdf-點擊開新視窗下載